#Codigo do grupo 7

from Bio import SeqIO

record = SeqIO.read("sequence.gb", "genbank")

#Verificar as features de genes, CDS e de outros.

featcds = []
featgene=[]
otherfeat=[]
for i in xrange(len(record.features)): 
    if record.features[i].type == "CDS": 
        featcds.append(i)
    elif (record.features[i].type == "gene"):
        featgene.append(i)
    else:
        otherfeat.append(i)
    i=+1
    
#Abrir a tabela referente a nossa zona do genoma fornecida pelo NCBI

f = open("ProteinTable.txt", 'r')
table=[]
for line in f.readlines():
    table.append(line.split('\t'))
f.close()

#Obter geneID e proteinID para comparar com a tabela 

CDS_proteinID =[]
CDS_geneID =[]
for i in record.features:
    if i.type == "CDS":
        CDS_proteinID.append(i.qualifiers["protein_id"][0])
        CDS_geneID.append(i.qualifiers["db_xref"][1].strip("GeneID:"))

#Validar os resultados 

valido=True
for j in xrange (1,len(table)):
    if table[j][5] != CDS_geneID[j-1] or table[j][8] != CDS_proteinID[j-1]:
        valido=False
    
#Passar numero de features de genes, CDS e outras, bem como os respetivos locais e validacao das features
    
print "Analise das features" 
print "\n" + "Numero de CDS: " + str(len(featcds))
print "Locais: " + str(featcds)
print "Numero de genes: " + str(len(featgene)) 
print "Locais: " + str(featgene)
print "Numero de outras features: " + str(len(otherfeat)) 
print "Locais: " + str(otherfeat)
print "\n" + "Validacao"
if valido:
    print "A validacao das features foi efetuada com sucesso!"
else:
    print "Verifica-se a existencia de features invalidas!"